საშოს მიკროფლორა წარმოდგენილია სხვადასხვა სახის მიკროორგანიზემებით, მათ შორის ჭარბობენ ლაქტობაქტერიების გვარის წარმომადგენლები (90%-მდე). ლაქტობაქტერიების გარდა, მიკროფლორაში ვხვდებით მცირე რაოდენობით სხვა აერობულ და ანაერობულ პირობით პათოგენურ მიკროორგანიზმებს, როგორებიცაა: Streptococcus spp., Staphyloccocus spp., Prevotella, Dialister, Atopobium vaginae, Gardnerella vaginalis, Megasphaera, Mobiluncus, Candida spp., M.hominis, U. Urealyticum და სხვა. ლაქტობაქტერიები პასუხისმგებელი არიან ქალის უროგენიტალურ ტრაქტში დაბალი pH-ის (3,8-4,5) შენარჩუნებაზე და წარმოქმნიან ნივთიერებებს, რომლებიც ხელს უშლიან სხვა ჯგუფის მიკროორგანიზმების გამრავლებას და სხვადასხვა სახის ინფექციების განვითარებას.
ბაქტერიული ვაგინოზი არის საშოს მიკროფლორის ბუნებრივი ბალანსის დარღვევა, რაც გამოწვეულია ლაქტობაქტერიების რაოდენობის შემცირებით აერობული და ანაერობული მიკროორგანიზმების ზრდისა და განვითარების ხარჯზე.